Naujas aplinkos DNR stebėjimo metodas, skirtas nustatyti retas ir nykstančias žuvų rūšis, parduodamas Honkongo drėgnose rinkose – ScienceDaily

Žinių spragų sprendimas ryklių ir rajų tyrimų srityje – ScienceDaily

Neseniai paskelbtame dokumente Ekologijos ir evoliucijos metodaiHonkongo universiteto Conservation Forensics Lab mokslininkai pristatė galingą naują priemonę, skirtą stebėti prekybą retomis ir nykstančiomis žuvų rūšimis Honkongo drėgnose rinkose. Naudodami aplinkos DNR (eDNR), esančią žuvų rinkų nutekamajame vandenyje, mokslininkai sugebėjo išgauti ir sekti pakankamai DNR, kad būtų galima identifikuoti daugiau nei 100 žuvų rūšių, kurios buvo perėjusios į rinką.

Tyrimo metu eDNR metodu buvo aptiktos įvairios pažeidžiamų ar nykstančių rūšių rūšys, įskaitant Epinephelus fuscoguttatustam tikros rūšies rudas marmurinis grupierius, kuris pagal Tarptautinę gamtos apsaugos sąjungą (IUCN) įtrauktas į pažeidžiamų ir mažėjančių rūšių sąrašą, ir trys ungurių rūšys, įskaitant Japonijos anguilija ir Anguilla rostratakuriems IUCN, taip pat CITES (Nykstančių laukinės faunos ir floros rūšių tarptautinės prekybos konvencija) įtraukti europiniai unguriai, Anguilla anguilla. Buvo aptikti dviejų tipų karšiai, įskaitant auksaplaukę karšį (Nemipterus virgatus), kuris IUCN yra įtrauktas į pažeidžiamą sąrašą, ir Okinavos vėgėlė (Acanthopagus sivicolus), IUCN įvardijo kaip pažeidžiamus ir mažėja.

Metabarkodavimas leidžia vienu metu identifikuoti rūšis

Brūkšninis kodavimas yra įprastas rūšies identifikavimo metodas, kai tam tikri organizmo genomo regionai yra sekvenuojami ir naudojami atitinkamam organizmui identifikuoti. Kiekviena rūšis turi savo unikalų brūkšninį kodą, kuris gali būti patikimesnis identifikavimo būdas nei tradiciniai morfologija pagrįsti metodai. Dėl pažangios didelio našumo sekos nustatymo šią techniką galima išplėsti, kad būtų galima identifikuoti daug rūšių vienu metu (žinoma kaip metabarkodavimas). Net nedidelių DNR kiekių, patekusių iš augalų ir gyvūnų į aplinką (eDNR), pakanka metabarkodavimui, kuris leidžia identifikuoti mišrias rūšių bendruomenes, kurios galėjo būti teritorijoje.

Šiame tyrime Conservation Forensics Lab mokslininkai siekė sukurti Honkongo rinkose prekiaujamų žuvų rūšių identifikavimo metodą, kuris nesiremtų tuo, kad žuvų taksonomijos ekspertai praleidžia valandas vizualiai identifikuodami kiekvieną parduodamą žuvį. Be to, daugelis žuvies pardavėjų dažnai nenori leisti ilgai tikrinti savo prekių, nes nykstančių žuvų rūšių dažnai galima rasti parduoti Honkongo turguose.

Straipsnyje aprašytas metodas palygino du dažniausiai pasitaikančius eDNR surinkimo tipus: filtravimą ir nusodinimą. Taikant filtravimo metodą, vienas litras vandens, surinkto iš kanalizacijos trijose šlapiose rinkose, buvo surinktas ir praleistas per smulkų filtrą, kuris užfiksavo audinius, kraują ir kitas ląstelių liekanas, kuriose buvo pakankamai DNR, kad būtų galima identifikuoti jį išmetusias žuvų rūšis. . Taikant nusodinimo metodą buvo sunaudotas dar mažiau vandens, todėl buvo galima identifikuoti žuvų rūšis, esančias cheminiu būdu nusodinant eDNR, esančią ląstelių šiukšlėse iš 45 ml drenažo nuotėkio. Surinkus drenažo vandenį, eDNR buvo išgauta ir sekvenuota bei nustatytos žuvų rūšys, esančios trijose šlapiose rinkose, tirtose per 5 dienas. Norėdami patvirtinti rezultatus, ekspertas žuvų taksonomas atliko vizualinį tyrimą ir palygino rūšių aptikimo sutapimą.

Didelis patikimumas ir lengvas pritaikymas

Nors neįmanoma 100% būti tikri, kad taikant bet kurį metodą bus identifikuota kiekviena rūšis, DNR pagrįsto tyrimo metodo pranašumai yra daug. Visų pirma, DNR pagrįsti ID gali būti patikimesni nei morfologiniai ID, o tai ypač aktualu, kai žuvys parduodamos išpjautos arba priklauso tam tikroms panašiai atrodančioms gentims ir šeimoms. Straipsnyje aprašytas DNR išskyrimo metodas taip pat yra labai paprastas ir jį gali lengvai atlikti kiekvienas, turintis kelių valandų pagrindinį molekulinės laboratorijos mokymą. Vizualiniams tyrimams atlikti reikia valandų valandas didelio daugelio taksonomų ekspertų darbo, o tai buvo veiksnys, stabdantis reguliarių tyrimų Honkonge diegimą.

„Tikimės, kad mūsų metodas ne tik paskatins vietos valdžios institucijas priimti daugiau aukštųjų technologijų sprendimų, skirtų stebėti ir derinti nelegalią prekybą laukiniais gyvūnais Honkonge, bet ir padės išplėsti eDNA ir metabarkodavimo naudojimą miesto kontekste“, – sakė Johnas L RICHARDSas. , žurnalo straipsnio bendraautorė.

Istorijos šaltinis:

Pateiktos medžiagos Honkongo universitetas. Pastaba: turinys gali būti redaguojamas pagal stilių ir ilgį.

.

Parašykite komentarą

El. pašto adresas nebus skelbiamas.